Viện Nghiên cứu Bông và Phát triển Nông nghiệp Nha Hố là cơ quan nghiên cứu khoa học nông nghiệp công lập, có bề dày lịch sử hình thành và phát triển gần 80 năm.

Trong quá trình thành lập, xây dựng và phát triển, Viện đã trải qua nhiều lần thay đổi về tên gọi, tổ chức để đảm nhiệm tốt nhiệm vụ, phù hợp với tùng giai đoạn phát triển của ngành nông nghiệp nói chung và ngành bông nói riêng.

- Tiền thân của Viện là Trại trồng trọt Nha Hố của chế độ cũ, được ủy ban quân quản tỉnh Ninh Thuận tiếp quản và xây dựng thành trại Nhân giống của tỉnh từ ngày 1 tháng 5 năm 1975.

- Tháng 4 năm 1976 đoàn cán bộ của bộ nông nghiệp do đồng chí Nguyễn Xuân Hân, Phó Viện trưởng Viện cây công nghiệp vào tiếp nhận bàn giao đê thành lập Trung tâm nông nghiệp Nha Hố.

- Ngày 26 tháng 1 năm 1977, Bộ nông nghiệp đã ký quyết định xác định chức năng, nhiệm vụ và đổi tên Trung tâm nông nghiệp Nha Hố thành Trung tâm Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam Trung Bộ trực thuộc Bộ Nông nghiệp.

- Ngày 19 tháng 3 năm 1982, Bộ Nông nghiệp đã ký quyết định 49/NN/TCCB/QĐ chuyển giao Trung tâm nông nghiệp miền Nam Trung bộ cho Công ty bông trung ương quản lý và đổi tên thành Trung tâm nghiên cứu cây bông, nhằm gắn việc nghiên cứu với sản xuất bông.

- Để phù hợp với cơ chế hoạt động sản xuất kinh doanh trong cơ chế thị trường có sự quản lý của nhà nước, Thủ tướng chính phủ đã có quyết định số 134/1988/TTg chuyển giao công ty Bông Việt Nam trong đó có Trung tâm nghiên cứu cây bông vào thành viên của Tổng Công ty Dệt May Việt Nam. Ngày 14 tháng 4 năm 2001, Hội đồng quản trị Tổng Công ty Dệt May Việt Nam ký quyêt định số 232/QĐ-HĐQT đổi tên trung tâm nghiên cứu cây bông thành Viện nghiên cứu cây bông và cây có sợi.

- Ngày 14/12/2006 Hội đồng quản trị Tập đoàn Dệt May Việt Nam ký quyết định số 747/QĐ-TĐDM phê duyệt chuyển đổi hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm quy định tại Nghị định 115/2005/NĐ-CP của Chính phủ và đổi tên Viện nghiên cứu cây bông và cây có sợi thành Viện nghiên cứu Bông và phát triển nông nghiệp Nha Hố

- Từ ngày 01/01/2007, Viện chuyển đổi hoạt động thành tổ chức khoa học và công nghệ công lập tự trang trải kinh phí theo Nghị định số 115/2005/NĐ-CP của Chính phủ.

- Từ ngày 03/7/2017, Viện Nghiên cứu Bông và Phát triển nông nghiệp Nha Hố chuyển về trực thuộc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam (VAAS) – Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn.